L’AOAEE est dirigée par un Conseil d’Administration composé des points focaux qui étaient à l’origine de sa fondation. Il s’agit pour l’essentiel d’éminents experts en évaluation environnementale.

Le second organe est le Secrétait Exécutif. C’est un poste assumé à tour de rôle par les pays membres. C’est le Bénin qui occupe actuellement ce poste.
Les statuts de règlementant l’Association sont disponibles en téléchargement ici.